Ingénieur de recherche en (bio)informatique h/f

Dans le cadre du projet intitulé « RUNDENG » retenu au titre de l’AMI Recherche FEDER financé par le PO FEDER / INTERREG 2014/2020 vous êtes recruté(e) pour une période de 12 mois renouvelable en fonction de la durée et de l’avancée du projet, en tant qu’ingénieur de recherche pour venir en appui scientifique au projet sous la responsabilité du Dr. MAVINGUI, porteur du projet.

Dans ce cadre, vous serez affecté(e) à l’action 1 “ Recherche fondamentale, translationnelle, clinique et épidémiologique de la dengue », pour réaliser l’étude de la génomique virale.

Pour mieux comprendre les évolutions épidémiologiques de la dengue et l’augmentation des formes de la maladie à La Réunion, le focus sera mis sur la génomique virale.

Depuis le début de l’épidémie en 2017, trois sérotypes (DENV-1, DENV-2, DENV-3) ont circulé à La Réunion avec des phénomènes de remplacement. En effet, DENV-2 a été le premier sérotype rencontré entre 2017 et 2019. En fin d’année 2019, a émergé le sérotype DENV-1 devenu dominant en 2020 puis début 2021 ; Le sérotype DENV-3 n’a été rencontré que dans quelques foyers avec un faible taux d’attaque. Différents génotypes d’un même sérotype peuvent co-circuler et modifier l’épidémiologie de la maladie, avec l’apparition de souches plus virulentes pouvant induire des formes sévères.

Par ailleurs, il a été montré que le cycle viral extrinsèque se déroulant chez un moustique peut-être à l’origine de mutations adaptives dont certaines peuvent induire une augmentation du pouvoir infectieux et donc de la transmission. C’est le cas typique observé lord de l’épidémie du chikungunya à La Réunion avec l’émergence de la mutation A226V dans la protéine de l’enveloppe virale qui a conféré au variant un pouvoir réplicatif élevé dans son nouveau vecteur Ae.albopictus (Schuffenecker et al.2006 ;Tsetsarkin et al.2007). L’hypothèse formulée est que l’intensité de l’épidémie pourrait résulter d’une adaptation des souches virales au vecteur de La Réunion.

Pour répondre à ces questions, l’ingénieur de recherche aura pour mission de réaliser une étude comparative des génomes complets des sérotypes qui ont circulé (DENV-1, DENV-2, DENV-3) qui ont circulé depuis 2017. Les génomes complets des souches épidémiques seront comparés à ceux connus dans le monde. L’analyse de génomique comparative permettra d’identifier d’éventuelles mutations sur des effecteurs qui interagissent avec les cibles chez les hôtes et seront alors mises en relation avec la compétence vectorielle ou virulence étudiés dans les autres volets du projet RUNDENG.

Pour atteindre cet objectif, l’ingénieur s’appuiera sur la cohorte CARBO-Réunion qui est la déclinaison locale d’une cohorte nationale. C’est une étude multicentrique, ouverte, prospective et longitudinale dédiée à l’épidémiologie descriptive et pronostique des principales arboviroses, endémiques ou émergentes dans les départements ultramarins. Réglementairement, il s’agit d’une recherche biomédicale interventionnelle, hors produits de santé, avec collection biologique et données anonymisées. Dans le cadre de RUNDENG, la cohorte CARBO concerne exclusivement les patients hospitalisés pour dengue maladie. Il s’agira d’exploiter les prélèvements de plasmas de sujets virémiques caractérisés sérologiquement pour réaliser le séquençage de génomes complets, sans isolement préalable, mais de certaines souches isolées.

Au terme du votre mission vous devrez restituer vos travaux auprès du Dr. MAVINGUI porteur du projet sous la forme de cahiers de laboratoire.

Dans le cadre de vos travaux vous serez amenés à participer à certains déplacements professionnels.